El laboratorio de microbiología ambiental hace parte de la actual área de Ingeniería Sanitaria y Ambiental de la Escuela de Recursos Naturales y del ambiente. Viene funcionando desde 1970, apoyando las actividades de Investigación y docencia en microbiología ambiental y ofreciendo servicios de Análisis de bacterias y virus indicadores de contaminación, en agua potable y residual, lodos y muestras de alimentos.

El laboratorio de Microbiología Ambiental ofrece desde 1972 docencia para los programas de Ingeniería Sanitaria (Microbiología y Parasitología, Bioquímica) y 1993 a la especialización en Ingeniería Sanitaria y Ambiental (Microbiología Ambiental y Microbiología de Procesos). Apoya los cursos prácticos de Hidrobiología, y Biología general. Además ofrece cursos cortos de capacitación y entrenamiento en Microbiología Ambiental.

En 1990 con el apoyo del Instituto ORSTOM de Francia, el laboratorio de Microbiología Ambiental, amplía su cobertura en investigación, con la puesta en marcha del laboratorio de Microbiología Anaerobia. El cual se orienta hacia la investigación sobre microbiología de la degradación de la materia orgánica en condiciones de anaerobiosis, mediante el recuento y aislamiento de bacterias así como seguimiento de los procesos metabólicos anaerobios como Metano génesis y producción de Ácidos Grasos Volátiles (AGVS), H₂S, etc.